Vadas:
A dzsungáriai törpehörcsög eredeti, természetben is előforduló alapszíne. A hát szürkésbarna, a gerinc vonalában fekete csík fut végig, a has fehér vagy világos szürke. Genotípus : AA (nem letális). Bármilyen alomban előfordulhat.
Kék:
Szintén gyakori szín. A hát hamuszürke, a gerinccsík sötétebb szürke, a has fehér vagy világos szürke. Nem letális. Genotípus : dd
Pearl (Gyöngyszínű):
Ez már egy kitenyésztett szín, de gyakran találkozhatunk vele. A hörcsög alapszíne fehér, a gerinccsík vagy fekete vagy világosszürke. Ez alapján megkülönböztethetünk pearl-vadas és pearl-kék hörcsögöket is. Vannak olyan egyedek, melyek teljesen fehérek és olyanok is, amelyek szürke foltosak. Genotípus : Pepe (letális)
Mandarin:
A kis mandarin hörcsögök színe néhány naposan narancssárga, később alakul ki a végleges szín. A hát tehát a narancstól a barnáig bármilyen árnyalatú lehet, a has fehér, a gerinccsík pedig sötétebb narancsszínű vagy barna. Genotípus : Mama
Pearl-mandarin:
A pearl és a mandarin kereszteződéséből létrejött szín. Az alapszín fehér, a gerinccsík a mandarinokra jellemző narancssárga vagy barnás. Genotípus : MamaPepe
Létezik még többek közt a pearl-camel szín is (pearl és camel kereszteződés, fehér bunda, halványabb barna a gerinccsík). Genotípus : dd Mama Pepe
Camel:
A kék és a mandarin keresztezéséből létrejött szín. Nagyon hasonlít a mandarinra, de attól lágyabb, krémesebb változat, kicsit barnás szín. A has fehér, a gerinccsík barna. Recesszív szín. Genotípus : ddMama (letális)
Winter-white:
Azok az egyedek, melyeknek bundája télen részben vagy teljesen kifehéredik. Általában vadas, kék és mandarin színű hörcsögöknél fordul elő. Ezzel megőrizték a vadonban élő társaik egyik jellegzetes vonását. Eredeti élőhelyükön a szőrzet kivilágosodása segíti őket abban, hogy télen beleolvadjanak környezetükbe, így könnyebben rejtőzködhessenek el a ragadozók elől.
Bézs:
A barna és a kék kereszteződéséből létrejött világosbarna szín. Fehér a hasuk, fekete a szemük. Hátcsík vagy minimális, vagy nem látszik. A bézs hörcsögöknél sokféle árnyalat létezik. Genotípus : ddmm
Szőke bézs (piros szemű):
Narancs és a bézs (barna + kék)  párosításából kialakult szín. Hibrid hörcsög. Ez a szín világosabb, mint a barna, a bézs dominál elsősorban, viszont piros a szeme. Recesszív szín. Genotípus : ddppmm (nem letális)
Duzsngáriai törpehörcsög színei: